診療報酬債権を使ったファクタリングは、銀行や証券会社等のファクタリング事業者に対して診療報酬債権を譲渡して、代わりに資金を調達する方法を指します。この方法は年々増加傾向にあり、回収がほぼ確実な性質の債権であるため、割引料率は低めに設定されることが多いです。不動産を担保して融資を受ける時と同様に掛目が存在するため、すぐに診療報酬債権のすべてをファクタリングできるわけではないことが注意点として挙げられます。掛目の割合は約80％程度の事業者が多く、審査によって多少上下します。

例として80％に設定された場合は、ファクタリング事業者から診療報酬債権の対価として、80％分が医療機関側へ支払われます。残りについては事業者側が国民健康保険団体連合会等からの支払いを受けた後、医療機関側へ支払いを行う形になります。メリットとしては、支払いまでに通常2ヶ月かかる診療報酬を、ファクタリングを導入した月に関しては一度で得られるという点です。この債権の性質からも審査には通りやすいため、資金を充実させたい場合に適した方法と言えます。

ただし、医療機関側の資金状態が悪くなっていることが取引銀行に察知されるということと、将来の現金を前借りしているような状態であることは留意しておく必要があります。また、途中でやめる場合には、月の診療報酬が先程の例を参考にすると20%しか報酬として得られない時があるため、資金がある程度手元になければなりません。